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蛋白表達(dá)資料

酵母蛋白表達(dá)

酵母蛋白表達(dá)步驟/實(shí)驗(yàn)流程

       本文主要講述了酵母蛋白表達(dá)步驟,詳細(xì)酵母表達(dá)流程。從感受態(tài)細(xì)胞制備,轉(zhuǎn)化方法選擇及操作,從化學(xué)試劑PEG1000 轉(zhuǎn)化,電擊轉(zhuǎn)化,原生質(zhì)體法轉(zhuǎn)化三個(gè)方法入手及轉(zhuǎn)化子的篩選及最終的蛋白表達(dá),全套酵母蛋白表達(dá)標(biāo)準(zhǔn)操作流程。

質(zhì)粒線性化
在酵母表達(dá)系統(tǒng)中已經(jīng)介紹了酵母蛋白表達(dá)原理,因此線性化是酵母轉(zhuǎn)化的第一步,采用不同的限制酶酶切可以得到不同的表型。

轉(zhuǎn)化方法

轉(zhuǎn)化方法

轉(zhuǎn)化效率

是否會(huì)多拷貝整合

操作

原生質(zhì)體法

105

操作復(fù)雜

電穿孔法(電擊)

105

操作方便

PEG 誘導(dǎo)轉(zhuǎn)化

105

操作方便

 

畢赤酵母PEG1000 轉(zhuǎn)化及感受態(tài)制備
配置緩沖液
1)緩沖液 A:1.0M 山梨醇,10mM 甘氨酸,pH8.35,3%(v/v)乙二醇,濾膜過濾,-20℃保存;
2)緩沖液 B:40%(w/v)PEG1000,0.2M 甘氨酸,pH8.35,濾膜過濾,-20℃保存;
3)緩沖液 C:0.15M NaCl,10mM 甘氨酸,pH8.35,濾膜過濾,-20℃保存;
4)未污染的新鮮、試劑級(jí) DMSO,-70℃保存
將 DNA 直接加在凍結(jié)的酵母細(xì)胞上是本實(shí)驗(yàn)的關(guān)鍵之處(即使在冰上解凍的待轉(zhuǎn)化細(xì)胞,其攝取外源 DNA 的能力也在解凍過程中迅速下降;樣品的轉(zhuǎn)化,進(jìn)行多組試驗(yàn)。


感受態(tài)制備
1)接種酵母受體菌單菌落于 YPD 平板(YPD:蛋白表達(dá)試劑配置),30℃培養(yǎng) 2 天;

2)挑取平板上的單菌落接種于 10mlYPD 液體培養(yǎng)基中,30℃搖床震蕩過夜;
3)過夜培養(yǎng)后按 1%左右的接種量接種到 100mlYPD 培養(yǎng)基中震蕩培養(yǎng)至 OD 值從 0.1 至 0.5~0.8;
4)3000~5000rpm 離心收集沉淀菌體,用 50ml 預(yù)冷 A 液洗滌,并重懸與 4mlA 液中;
5)根據(jù)每次使用量(0.1-0.2ml 左右)分裝與 1.5ml 離心管中,每管加入 10ul 的預(yù)冷 DMSO,混合后迅速-80℃
/液氮(感受態(tài)可以放到-80℃ ,但是酵母表達(dá)建議感受態(tài)現(xiàn)做現(xiàn)用)

酵母轉(zhuǎn)化
1)線性化質(zhì)粒 50ug(可預(yù)冷)溶于 200ul 的 TE 中,直接加入凍存的酵母感受態(tài)中;
2)37℃水浴 5min,過程混合樣品 2 次;
3)取出加入 1.5ml 緩沖液 B,徹底混勻;
4)30℃水浴 1 小時(shí);
5)室溫 2000rpm 離心 10min,去上清,得沉淀,重懸菌體與 1.5ml 緩沖液 C 中;
6)再次離心,去上清,得沉淀,輕輕加入 0.2ml 緩沖液 C 重懸;
7)將重懸的轉(zhuǎn)化液涂與選擇性培養(yǎng)基(根據(jù)抗性配置)中,30℃孵育 3-4 天,進(jìn)行鑒定。
畢赤酵母電擊感受態(tài)細(xì)胞制備及轉(zhuǎn)化

感受態(tài)制備
1)接種酵母受體菌單菌落于 YPD 平板,30℃培養(yǎng) 2 天;
2)挑取平板上的單菌落接種于 10mlYPD 液體培養(yǎng)基中,30℃搖床震蕩過夜;
3)過夜培養(yǎng)后按 1%左右的接種量接種到 100mlYPD 培養(yǎng)基中震蕩培養(yǎng)至 OD 值 1.2~1.5;
4)4℃,5000rpm 離心 5min 收集沉淀菌體,用 100ml 預(yù)冷無菌水重懸菌體;
5)4℃,5000rpm 離心 10min 收集沉淀菌體,用 100ml 預(yù)冷無菌水重懸菌體;
6)再次 4℃,5000rpm 離心 10min 收集沉淀菌體,用 100ml 預(yù)冷無菌水重懸菌體;
7)20ml,1mol/L 山梨醇洗滌 1 次;
8)將菌體溶于 200ul,1mol/L 預(yù)冷山梨醇中,不加甘油,-80℃放置幾小時(shí),待轉(zhuǎn)化

酵母電轉(zhuǎn)
1)準(zhǔn)備好 80ul 的酵母感受態(tài)與線性化的質(zhì)粒 1-5ug(冰上預(yù)冷 15min)混合,迅速放入 0.2cm 的電擊杯中(電擊杯冰上預(yù)冷滅菌),電擊;
2)電擊結(jié)束,迅速加入 1ml 山梨醇,涂平板(在搖床上培養(yǎng) 1h 后涂平板也可);
3)MD 培養(yǎng)基生長 3-4 天,ROB 培養(yǎng)基上生長 4-5 天后,鑒定。
?電擊注意點(diǎn)
1)線性化質(zhì)粒的含量在 1-5ug,純度越高越好,量要有保證,很多人找不到陽性轉(zhuǎn)化子可以考慮是否是這個(gè)因素造成;
2)感受態(tài)菌液收集,確定 OD 值在 1.2-1.5 之間,可以稀釋不同倍數(shù),判斷是否是線性關(guān)系,菌液渾濁單 OD 值不高,可能是OD 稀釋倍數(shù)不夠;
3)感受態(tài)保存,感受態(tài)制備但其他還沒處理好,冰上放置的時(shí)間對(duì)轉(zhuǎn)化效率也會(huì)有影響,因此還是那個(gè)原則:現(xiàn)做現(xiàn)用;且分裝成每次夠用的量,一旦拿出就不在放回,也避免每次吸取造成污染;                                      4)電擊杯清洗,先洗凈吹干,浸泡在 75%乙醇中,使用前超凈臺(tái)紫外滅菌,重復(fù)使用對(duì)實(shí)驗(yàn)也會(huì)有一定影響;
5)電擊參數(shù),電壓及電擊時(shí)間可以摸索,適當(dāng)增加電壓或延長電擊時(shí)間,電擊過程冰上操作

畢赤酵母原生質(zhì)體法轉(zhuǎn)化及感受態(tài)制備

原生質(zhì)轉(zhuǎn)化原理
酵母細(xì)胞具有細(xì)胞壁,細(xì)胞壁會(huì)組織其對(duì)外源 DNA 的攝入,因此,去除掉部分的細(xì)胞壁有利于酵母細(xì)胞對(duì) DNA 的吸收。利用藤黃節(jié)桿菌酶(為一種葡聚糖酶),可以部分消化細(xì)胞壁。關(guān)鍵在于不能過度的消化細(xì)胞壁,否則將造成細(xì)胞死亡。藤黃節(jié)桿菌酶的消化能力受到 SDS 的影響,可以加入 SDS 對(duì)其消化進(jìn)行控制,以得到消化適度的細(xì)胞。消化獲得 70%的原生質(zhì)細(xì)胞時(shí),效果最好。

試劑配制
轉(zhuǎn)化當(dāng)天,配制如下溶液:
① SE:1M 山梨醇,25mM EDTA,pH8.0
② SCE:SE:1M 山梨醇,1mM EDTA,10mM 檸檬酸鈉緩沖液,pH8.5
③ SOS:1M 山梨醇,0.3xYPD,10mM CaCl2
④ CaS:1M 山梨醇,10mM Tris-HCl,pH7.5,10mM CaCl2
⑤ DTT,PEG:DTT 水配制為 1M 濃度,PEG 用水配制 40%(w/v)
⑥ CaT:20mM Tris pH7.5,20mM CaCl2
⑦ 藤黃節(jié)桿菌酶:用水配制成 3mg/ml 的濃度
⑧ 5%SDS 溶液,RD 融化瓊脂 100ml,1M 山梨醇每次轉(zhuǎn)化時(shí)配制
① SED:19ml LSE 加 1ml DTT
② PEG/Cat:1:1 混合 40%PEG 及Cat 其他試劑
① YPD 培養(yǎng)基 1L,YPD 平板 1L
② RDB 平板 1L,RDHB 平板 1L

感受態(tài)制備及消化細(xì)胞壁                              
 1)接種酵母受體菌單菌落于 YPD 平板,30℃培養(yǎng) 2 天;
2)挑取平板上的單菌落接種于 10mlYPD 液體培養(yǎng)基中,30℃搖床震蕩過夜;
3)取培養(yǎng)的細(xì)胞 5ul,10ul,20ul 分別加入到含有 200mlLYPD 的液體培養(yǎng)基中,30℃震蕩過夜(300rpm);
4)第二天測(cè)每個(gè)培養(yǎng)瓶中的 OD600 值,并取出事先配置好的轉(zhuǎn)化溶液,室溫放置:
5)收集 OD600 值在 0.2-0.3 對(duì)應(yīng)的培養(yǎng)瓶中的細(xì)胞,室溫離心(1500rpm5min 左右),得到沉淀;如果沒有培養(yǎng)瓶中的 OD 值在 0.3 左右的話,選擇一個(gè)培養(yǎng)瓶,用新配置的培養(yǎng)基以 1:4 稀釋,再次培養(yǎng)(2-3h 左右),直至出現(xiàn)OD 值為 0.2-0.3,收集細(xì)胞;
6)準(zhǔn)備去除細(xì)胞壁,準(zhǔn)備去壁試劑和待去壁的細(xì)胞;
7)準(zhǔn)備去壁試劑:現(xiàn)配 SED,保證DTT(分析級(jí))的新鮮度,配完放-20℃;
8)準(zhǔn)備帶去壁細(xì)胞:先用滅菌水清洗,轉(zhuǎn)入離心管;1500rpm 離心 5min,收集細(xì)胞,用 20mlSED 重懸并洗滌離心;再次用 1M 山梨醇洗滌,離心(同上);用SCE 重懸,分開至兩個(gè)離心管中(每管 10ml 左右);
9)準(zhǔn)備藤黃節(jié)桿菌酶,取一管酶放置冰上,以上準(zhǔn)備的兩管細(xì)胞取出一管加入藤黃節(jié)桿菌酶,開始消化細(xì)胞(這一步可確定酶消化的最佳時(shí)間);

最佳時(shí)間的確定

① 準(zhǔn)備 20ml 5%SDS 溶液分光光度計(jì)調(diào)至 800nm,空白對(duì)照為 800ul 5% SDS 及 200ul SCE;
② 準(zhǔn)備 10 個(gè)離心管,編號(hào)為 0,2,4,5,6,7,8,9,10,15,20,25,30,40,45,50(根據(jù)時(shí)間編號(hào));
③ 取上述 8 步中的另一管細(xì)胞,取出 200ul 加入至 0 號(hào)管中,放置冰上,此為 0 點(diǎn);
④ 加入 7.5ul 藤黃節(jié)桿菌酶在剩余的細(xì)胞中,輕混,30℃孵育(不要晃動(dòng))用來建立最佳時(shí)間所用
⑤ 2min 時(shí)取 200ul 懸浮液至 2 號(hào)管中,同理 4,5,6,7,8min 時(shí)重復(fù)操作,讀樣品 OD800 值;
⑥  用公式計(jì)算細(xì)胞去壁的效率:%去壁率=100-{(T  時(shí)間  OD800-0  時(shí)間  OD800  值)x100} 10)計(jì)算出去壁率為 70%左右時(shí),得出最佳消化時(shí)間,同樣操作加入 7.5ul 消化酶于另一管中消化細(xì)胞
11)室溫離心去除懸浮液,1M 山梨醇洗滌一次,0.6mlCaS 懸浮細(xì)胞,立即轉(zhuǎn)化,去壁的細(xì)胞應(yīng)立即轉(zhuǎn)化。

轉(zhuǎn)化畢赤酵母
1)取 100ul 將去壁細(xì)胞,放入 1.5ml 離心管中(滅菌);
2)準(zhǔn)備 10ug 線性化質(zhì)粒(預(yù)冷)與去壁細(xì)胞混合,加入 1ml 新鮮 PEG/Cat 溶液,輕混,室溫孵育 10min;
3)室溫 750rpm 離心 10min,去除 PEG/Cat 溶液;并用 150ulSOS 培養(yǎng)基懸浮轉(zhuǎn)化細(xì)胞,室溫孵育 20min;
4)加入 800ul 1M 山梨醇,涂平板;
5)取 200ul 轉(zhuǎn)化細(xì)胞和 RD(液體)混勻倒于 RDB 平板上,凝固后導(dǎo)致平板,30℃培養(yǎng) 4-6 天,出現(xiàn)轉(zhuǎn)化子;
6)取 100ul 稀釋細(xì)胞,與 RDH(液體)混勻,涂在 RDHB 上,凝固后倒置生長,30℃培養(yǎng) 4-6 天,出現(xiàn)克隆, 表明去壁細(xì)胞可再次生長為分裂細(xì)胞。

陽性轉(zhuǎn)化子的篩選與蛋白表達(dá)

Mut+和 Muts 表型的判斷
待轉(zhuǎn)化子在平板上生長一段時(shí)間后,進(jìn)行 Mut+和 Muts 的篩選。挑取單克隆,在 MM 及 MD 培養(yǎng)基上劃線或點(diǎn)(先在MM 平板上點(diǎn),再在 MD 平板上點(diǎn),一個(gè)克隆換一次牙簽),30℃培養(yǎng) 2 天。觀察,在MD 培養(yǎng)基上生長而在MM 培養(yǎng)基上不生長或長的很小即為 Muts 表型,其余為 Mut+表型。

Mut+的誘導(dǎo)表達(dá)
1)挑取單菌落,搖菌,在 25mlMGY 或 BMG 或 BMGY 培養(yǎng)基中,30℃,300rpm 培養(yǎng)至 OD600 為 2-6(培養(yǎng)
15-18h 左右觀察);
2)室溫 2000rpm 離心 5min,收集菌體,用上述培養(yǎng)基重懸,使 OD600 為 1.0 左右;將菌液至于 1L 搖瓶中,
30℃300rpm 培養(yǎng),每 24 小時(shí)加入 100%甲醇,至終濃度為 0.5-1.0%;
3)根據(jù)時(shí)間點(diǎn)取樣(1ml)至于 1.5ml 離心管中,離心收集上清和菌體,分析蛋白表達(dá)量和最佳收獲時(shí)間;
4)可以用 SDS-PAGE 和Western blot 進(jìn)行分析鑒定表達(dá)情況。

Muts 的誘導(dǎo)表達(dá)
1)挑取單菌落,搖菌,在 25mlMGY 或 BMG 或 BMGY 培養(yǎng)基中,30℃,300rpm 培養(yǎng)至 OD600 為 2-6(培養(yǎng)
15-18h 左右觀察);
2)室溫 2000rpm 離心 5min,收集菌體,用上述培養(yǎng)基重懸,使 OD600 為 1.0 左右;將菌液至于 1L 搖瓶中,
30℃300rpm 培養(yǎng),每 24 小時(shí)加入 100%甲醇,至終濃度為 0.5-1.0%;
3)根據(jù)時(shí)間點(diǎn)取樣(1ml)至于 1.5ml 離心管中,離心收集上清和菌體,分析蛋白表達(dá)量和最佳收獲時(shí)間;
4)可以用 SDS-PAGE 和Western blot 進(jìn)行分析鑒定表達(dá)情況。

酵母表達(dá)原理

      本文主要講述了畢赤酵母蛋白表達(dá)的原理,畢赤酵母表達(dá)能夠高效表達(dá)的機(jī)制。
      巴斯德畢赤酵母(以下簡稱畢赤酵母)能夠高效表達(dá)外源基因,是因?yàn)槠溆懈鼜?qiáng)的強(qiáng)啟動(dòng)子,即醇氧化酶啟動(dòng)子PAOX。甲醇營養(yǎng)型酵母能將甲醇分解為甲醛和過氧化氫,在此反應(yīng)中參與的酶是醇氧化酶(AOX1 和 AOX2)。其中,AOX2 的表達(dá)量比 AOX1 低得多,以甲醇為唯一碳源時(shí),AOX1 增至細(xì)胞總蛋白的 40%。PAOX1 受甲醇誘導(dǎo)和葡萄糖或甘油的抑制。因此,AOX1 的表達(dá)受到甲醇的嚴(yán)格控制。
      巴斯德畢赤酵母所表達(dá)的外源基因位于酵母染色體上,這是通過把攜帶外源基因的表達(dá)質(zhì)粒線性化,以同源重組的      方式整合到強(qiáng)啟動(dòng)子 PAOX1 的下游,目的基因一般插入到 5’AOX1 啟動(dòng)子和轉(zhuǎn)錄終止子之間的單克隆位點(diǎn)。

畢赤酵母蛋白表達(dá)系統(tǒng)

1. 酵母表達(dá)宿主菌Mut+和 Muts
在畢赤酵母表達(dá)系統(tǒng)中,乙醇氧化酶有兩種基因編碼,即 AOX1 和 AOX2。細(xì)胞中絕大多數(shù)乙醇氧化酶活力有 AOX1 提供,菌株利用甲醇的速度主要由 AOX1 基因表達(dá)的 AOX1 蛋白提供。當(dāng) AOX1 缺失,只存在 AOX2 時(shí),大部分的乙醇氧化酶活力喪失,這種細(xì)胞利用甲醇能力低,在甲醇培養(yǎng)基上生長緩慢的菌株表現(xiàn)型為 Muts。存在 AOX1, 細(xì)胞利用甲醇正常生長,在甲醇培養(yǎng)基上生長較快,這種菌株表現(xiàn)型為 Mut+,這就是甲醇營養(yǎng)型畢赤酵母表達(dá)兩種 Muts 和 Mut+產(chǎn)生的原理。
?酵母表達(dá)系統(tǒng)常用宿主菌
GS115、KM71、SMD1168 是常用的表達(dá)宿主菌,均為甲醇誘導(dǎo)型。他們都是組氨酸缺陷型,如果表達(dá)載體上帶有組氨酸基因,可以補(bǔ)償宿主菌的組氨酸缺陷,所以可以在不含組氨酸的培養(yǎng)基上篩選重組轉(zhuǎn)化子。在以葡萄糖或者甘油等為碳源的培養(yǎng)基上生長時(shí),AOX1 基因的表達(dá)受到抑制,而在以甲醇為唯一碳源時(shí),宿主菌的 AOX1 基因被強(qiáng)烈誘導(dǎo),使目的基因大量表達(dá)。
?有無甲醇誘導(dǎo)產(chǎn)生的 Mut+和 Muts 表現(xiàn)型
畢赤酵母的最適生長溫度為 28-30℃,誘導(dǎo)期間超過 32℃,不利于蛋白表達(dá),并可能導(dǎo)致細(xì)胞死亡。Muts 和 Mut+ 菌株在沒有甲醇存在的情況下生長速率一樣,存在甲醇的情況下,AOX1 啟動(dòng)子被強(qiáng)烈誘導(dǎo),Mut+較 Muts 生長更快(4-5 倍)。

1. 酵母蛋白表達(dá)載體
酵母蛋白表達(dá)載體的選擇
酵母表達(dá)產(chǎn)物有胞內(nèi)表達(dá)和分泌到胞外表達(dá)兩種方式,這取決于表達(dá)載體的選擇和構(gòu)建是否帶有信號(hào)肽,可根據(jù)基      因表達(dá)的定位及目的選擇合適的酵母蛋白表達(dá)載體。
① 胞內(nèi)表達(dá)載體:主要包括 pPIC3、pPICZ、pPSC3K、pHIL-D2 等。該類載體將目的基因表達(dá)在胞內(nèi),可避免酵母的糖基化,適合于通常在胞漿表達(dá)或不含-S-S-的非糖基化蛋白,較胞外分泌表達(dá)水平高但純化相對(duì)復(fù)雜。
② 分泌到胞外表達(dá)的載體:pPIC9、pHIL-S1、pYAM75P 等。酵母本身分泌的外源蛋白很少,將外源蛋白分泌到胞外,有利于目的蛋白的純化和積累。常用的分泌信號(hào)序列由 89 個(gè)氨基酸組成α交配因子的引導(dǎo)。
③ 多拷貝插入表達(dá)載體:pPIC9K、pPIC3.5K。某些情況下,重組基因的多拷貝整合能夠增加蛋白的表達(dá)量。

表達(dá)重組蛋白使其具體天然的 N 端
想實(shí)現(xiàn)表達(dá)重組蛋白使其具體天然的 N 端,將目的基因直接連接在 Kex2 蛋白酶切位點(diǎn)之后。Kex2 蛋白酶切位點(diǎn)在信號(hào)肽序列中谷氨酸和精氨酸連接處:Glu-Lys-Arg*Glu-Ala-Glu-Ala *位置為 Kex2 蛋白酶的酶切位點(diǎn)

畢赤酵母表達(dá)系統(tǒng)機(jī)制/原理
畢赤酵母能夠高效的表達(dá)外源基因,是因?yàn)槠渚哂袕?qiáng)啟動(dòng)子乙醇氧化酶啟動(dòng)子(AOX1 和 AOX2)。AOX1 和 AOX2 及其產(chǎn)生的 Muts 和 Mut+表現(xiàn)型前文已經(jīng)敘述過。AOX1 受甲醇的誘導(dǎo)和葡糖糖或甘油的抑制。畢赤酵母表達(dá)的外源基因位于酵母染色體上,通過把構(gòu)建的質(zhì)粒/載體線性化(主要采用酶切),通過同源重組的方式整合到啟動(dòng)子 AOX 的下游,一般是插入到 5’AOX 啟動(dòng)子和轉(zhuǎn)錄終止子信號(hào)之間的單克隆位點(diǎn)。