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 分子對(duì)接（molecular docking）是依據(jù)配體與受體作用的“鎖-鑰原理” （lock&key principle），模擬配體小分子與受體生物大分子相互作用的一種技術(shù)方法。配體與受體相互作用是分子識(shí)別的過(guò)程，主要包括靜電作用、氫鍵作用、疏水作用、范德華作用等。通過(guò)計(jì)算，可以預(yù)測(cè)兩者間的結(jié)合模式和親和力。研錦生物提供專業(yè)的分子對(duì)接服務(wù)和整套虛擬藥物篩選服務(wù)，能幫助客戶發(fā)現(xiàn)配體-蛋白的相互作用方式，用于解釋生物學(xué)實(shí)驗(yàn)、發(fā)現(xiàn)新的活性化合物和為化合物優(yōu)化提供指導(dǎo)。內(nèi)容涵蓋蛋白準(zhǔn)備、活性位點(diǎn)發(fā)現(xiàn)、蛋白柔性構(gòu)象探索、配體構(gòu)象數(shù)據(jù)庫(kù)準(zhǔn)備、對(duì)接結(jié)果分析評(píng)價(jià)、小分子化合物庫(kù)制備、藥效團(tuán)建模及篩選、人工經(jīng)驗(yàn)篩選等等。

分子對(duì)接應(yīng)用：
     1、探索藥物小分子和大分子受體的具體作用方式和結(jié)合構(gòu)型;
     2、篩選可以與靶點(diǎn)結(jié)合的先導(dǎo)藥物;
     3、解釋藥物分子產(chǎn)生活性的原因;
     4、指導(dǎo)合理地優(yōu)化藥物分子結(jié)構(gòu)。
     分子對(duì)接是分子模擬的重要方法之一，其本質(zhì)是兩個(gè)或多個(gè)分子間的識(shí)別過(guò)程，涉及分子之間的空間匹配和能量打分，根據(jù)能量排名最終得到分子間的初步最優(yōu)結(jié)構(gòu)和結(jié)合模式。
 

“蛋白-配體”間對(duì)接軟件繁雜，研錦生物分析軟件主要包括Autodock，Vina，Dock等等。

       分子對(duì)接技術(shù)門檻不高但難于精通，容易獲得假陽(yáng)性結(jié)果。精確的分子對(duì)接結(jié)果離不開多方面的知識(shí)技術(shù)儲(chǔ)備和長(zhǎng)期的一線經(jīng)驗(yàn)積累。選擇研錦生物，讓專業(yè)的人做專業(yè)的事，您只要提供相關(guān)生物學(xué)信息，即可由我們幫助您發(fā)現(xiàn)合理的結(jié)合模式和結(jié)果分析。

       隨著X-Ray 衍射和NMR 技術(shù)的發(fā)展，已經(jīng)有大量的靶標(biāo)蛋白的三維晶體結(jié)構(gòu)被解析出來(lái)，得到蛋白的晶體結(jié)構(gòu)后并不能直接用于分子對(duì)接。實(shí)際上，在蛋白的解析過(guò)程中經(jīng)常會(huì)有各種各樣的錯(cuò)誤，比如原子的缺失、蛋白的二級(jí)序列和三維結(jié)構(gòu)不能對(duì)應(yīng)等等，這些都會(huì)影響對(duì)接的準(zhǔn)確性，特別是當(dāng)這些錯(cuò)誤出現(xiàn)在配體的結(jié)合口袋內(nèi)時(shí)。因此，在對(duì)接前必須對(duì)這些錯(cuò)誤進(jìn)行更正。無(wú)論是X-Ray 還是NMR 都只能確定重原子的位置而沒有氫原子的位置信息，在對(duì)接前就需要先進(jìn)行加氫質(zhì)子化，標(biāo)示局部電性，這樣才能用于對(duì)接。準(zhǔn)備蛋白結(jié)構(gòu)后需要尋找藥物分子結(jié)合的活性位點(diǎn)，而蛋白表面的拓?fù)浞浅?fù)雜、多樣，物理化學(xué)性質(zhì)也異常多樣化，究竟哪些位點(diǎn)才是小分子藥物結(jié)合的位置，并能抑制或激活蛋白的活性呢？實(shí)際上針對(duì)靶標(biāo)蛋白必然有一些相應(yīng)的研究和其生物學(xué)功能的注釋。在大多數(shù)情況下，蛋白也是通過(guò)結(jié)合天然的配體（大分子或小分子）來(lái)發(fā)揮其生物學(xué)功能。這些天然配體的結(jié)合位點(diǎn)很可能就是其抑制劑或激動(dòng)劑的結(jié)合位點(diǎn)。如果缺少這些相應(yīng)的生物學(xué)注釋，也可以借助于計(jì)算分析，從拓?fù)洹⑽锘再|(zhì)等多個(gè)角度來(lái)考察蛋白表面，找到合適的結(jié)合位點(diǎn)，并和實(shí)驗(yàn)信息相結(jié)合，最后確定活性位點(diǎn)。

       眾所周知，蛋白-配體相互作用過(guò)程中，存在誘導(dǎo)契合效應(yīng)，結(jié)合過(guò)程中其構(gòu)象都會(huì)發(fā)生相應(yīng)的變化，一個(gè)準(zhǔn)確的對(duì)接必須考慮到受體和配體的柔性。現(xiàn)在的軟件工具雖然很多都宣稱可以進(jìn)行受體柔性對(duì)接，但是方法上都有比較大的局限性，可能只是通過(guò)力場(chǎng)優(yōu)化等方法進(jìn)行側(cè)鏈的構(gòu)象優(yōu)化。研錦生物可以通過(guò)計(jì)算機(jī)模擬的方法考察蛋白可能存在的幾種不同的構(gòu)象，通過(guò)這些構(gòu)象作為對(duì)接的起點(diǎn)能更多的考慮蛋白的柔性。另一個(gè)柔性是配體的柔性。盡管在對(duì)接過(guò)程中軟件會(huì)自動(dòng)的考慮配體的柔性，比如旋轉(zhuǎn)一些可旋轉(zhuǎn)鍵。但是這種構(gòu)象的產(chǎn)生也是比較有限的，比如無(wú)法充分考慮到飽和環(huán)的構(gòu)象。我們可以通過(guò)構(gòu)象搜索、飽和環(huán)構(gòu)象搜索等方法盡可能的遍歷配體的優(yōu)勢(shì)構(gòu)象來(lái)作為對(duì)接的構(gòu)象庫(kù)，從而提高準(zhǔn)確性！對(duì)接后一般通過(guò)結(jié)合自由能的打分來(lái)進(jìn)行排序?？赡苊總€(gè)配體有多種的結(jié)合構(gòu)象，我們通過(guò)綜合的評(píng)價(jià)方法來(lái)挑選最有可能的結(jié)合模式，比如結(jié)合自由能的打分、分子的應(yīng)力能等，并且結(jié)合人為的判斷挑選來(lái)找到真正合理的結(jié)合方式。