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動力學(xué)分析之兩分子結(jié)合和解離的速率快慢?

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動力學(xué)在分子互作中是用來描述分析物與配體之間結(jié)合的速率(ka)和解離的速率(kd),是表征分子結(jié)合很重要的參數(shù)。在藥物研發(fā)過程中,我們可以通過檢測結(jié)合或者解離速率來判斷結(jié)合的藥物分子作用的時間和效果。

為了研究抑制劑的結(jié)構(gòu)和耐藥性之間的關(guān)系,做了關(guān)于HIV-1蛋白酶耐藥突變體和一系列抑制劑之間的研究。突變體是根據(jù)已知的臨床常用抑制劑耐藥突變體,并結(jié)合蛋白酶中的氨基酸的位置進行設(shè)計。如下圖所示,作者構(gòu)建了單個和多個位點的突變,突變的氨基酸偉G48V,V82A,I84V和L90M。

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接下來,通過Biacore檢測野生型/突變的HIV蛋白酶和抑制劑之間的親和力和動力學(xué)參數(shù)。結(jié)果如下方的表格所示。

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通過進一步對結(jié)合動力學(xué)進行分析,發(fā)現(xiàn)和野生型相比,突變體和抑制劑之間的解離速率明顯增加。

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Fig.2. 野生型/突變體和抑制劑之間結(jié)合動力學(xué)分析


進一步對實驗結(jié)果進行了討論和分析。Leu90是一個位于二聚體表面的氨基酸殘基,替換為Met降低了二聚體的穩(wěn)定性。本次實驗表明,Leu90替換為Met,對抑制劑的結(jié)合具有非特異性的作用,由于解離速率增加而親和力減弱。


Gly48位于蛋白酶的flap區(qū),對于結(jié)合位點成型和酶復(fù)合體穩(wěn)定性具有重要的作用,這個位點突變之后,對saquinavir形成耐受性,解離速率增加。而82和84位點位于活性位點,突變之后引起親水性和范德華力作用的減少,數(shù)據(jù)表明結(jié)合和解離速率的改變引起親和力的減弱。

研錦生物可以利用基于靶點或小分子結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計方法,對可購買化合物、天然產(chǎn)物等數(shù)據(jù)庫進行虛擬篩選,并獲得潛在活性的化合物列表供進一步活性實驗確證。


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