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虛擬篩選服務(wù)

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虛擬篩選服務(wù)


隨著科技的發(fā)展，當(dāng)前已經(jīng)擁有龐大的生物分子數(shù)據(jù)庫以及各種各樣的藥物分子數(shù)據(jù)庫，而傳統(tǒng)的實驗手段已經(jīng)難以從龐大的數(shù)據(jù)庫中快速的篩選出符合特定需求的分子體系。目前我們已經(jīng)可以通過分析確定藥物的作用機(jī)制，并在此基礎(chǔ)上通過計算機(jī)模擬篩選的方式快速的篩選出符合特定條件的一系列分子，從而大大的加快分子篩選過程。

01
虛擬篩選背景


據(jù)統(tǒng)計數(shù)據(jù)顯示，成功研制一種新藥需要約10—12年的時間，耗資10億—15億美元。計算機(jī)輔助藥物設(shè)計技術(shù)能通過干涉新藥發(fā)現(xiàn)流程，大量降低研發(fā)成本和時間，增加社會經(jīng)濟(jì)效益， 國內(nèi)外利用CADD輔助藥物設(shè)計工具取得了非常了不起的成績。

圖片

實體的藥物篩選方法有嚴(yán)重的缺點：成本高、效率低、速度慢、樣品量大、陽性率低（< 0.1‰）。相比之下，虛擬篩選（virtual screening, VS）方法具有很大的優(yōu)勢。采用高通量虛擬篩選方法可從大型化合物庫（如約20萬個化合物的SPECS庫，超過1億個可購買化合物的ZINC庫）中迅速篩選出有潛在活性的藥物分子，陽性率一般在5%~20%。


02
虛擬篩選難點


我們理解大多數(shù)研究者對虛擬篩選準(zhǔn)確率低、假陽性率高的詬病，這些問題通常來自于傻瓜式的操作和對研究體系缺乏充分了解。


盡管針對藥物設(shè)計的軟件和策略層出不窮，但被運用來尋找到有效的苗頭化合物，進(jìn)而發(fā)展成先導(dǎo)化合物，是極其艱難的一件事情。


在整個藥物發(fā)現(xiàn)的過程中，布滿了各種陷阱，不少是非常隱秘的。


對一個全新的體系采用單一方法進(jìn)行虛擬篩選，其準(zhǔn)確率往往遠(yuǎn)低于文獻(xiàn)報道的研究結(jié)果。


03
虛擬篩選優(yōu)勢


研錦生物深諳每種方法都有其固有的缺陷，因此，在充分了解研究體系的情況下，我們通常采用多模型方案與平行和（或）串行的篩選策略，并根據(jù)先驗的成功概率和后驗的命中率仔細(xì)挑選策略和設(shè)計方案，借助統(tǒng)計學(xué)這一強(qiáng)有力的工具，提高我們對篩選策略的成敗把握。


值得注意的是，我們的專家知識在提高命中率上給了很大幫助，這歸功于研錦生物多年積累的豐富經(jīng)驗。

研錦生物在藥物的虛擬篩選方面進(jìn)行過大量研究，有著豐富的實踐經(jīng)驗和核心技術(shù)。根據(jù)具體的研究項目，我們將為客戶提供有針對性的高性價比的篩選方案。同時，還可提供小分子化合物庫等服務(wù)。

04
虛擬篩選服務(wù)內(nèi)容


高通量高精度分子對接（Docking）


基于形狀匹配的分子相似度計算（Shape-based Similarity）


基于配體或受體的藥效團(tuán)構(gòu)建與篩選（Pharmacophore）


反向?qū)ぐ校═arget Fishing）

05
虛擬篩選庫


虛擬篩選庫類別

         說       明

ZINC全部可購買庫

化合物數(shù)量19582419個

來源于ZINC數(shù)據(jù)庫，能購買到，適用于大規(guī)模的虛擬篩選。

ZINC先導(dǎo)化合物庫

化合物數(shù)量6184622個

來源于ZINC數(shù)據(jù)庫，能購買到，分子量在250~350，logP<=3.5，可旋轉(zhuǎn)鍵數(shù)目<=7。

ZINC類藥化合物庫

化合物數(shù)量15009925個

來源于ZINC數(shù)據(jù)庫，能購買到，分子量在150~500，logP<=5，可旋轉(zhuǎn)鍵數(shù)目<=7，tPSA<150, HBD<=5,HBA<=10。

ZINC片段庫

化合物數(shù)量667834個

來源于ZINC數(shù)據(jù)庫，能購買到，分子量<250，logP<=3.5，可旋轉(zhuǎn)鍵數(shù)目<=5。

ZINC天然產(chǎn)物庫

化合物數(shù)量25萬個

來源于ZINC數(shù)據(jù)庫，其中大部分在售，有些不能購買。

中草藥成分庫（VIP免費篩選）

化合物數(shù)量33765個

中草藥成分庫涵蓋了8445種中草藥，包括發(fā)散風(fēng)寒藥、發(fā)散風(fēng)熱藥、清熱瀉火藥、清熱燥濕藥、清熱解毒藥、清熱涼血藥、清虛熱藥、攻下藥、潤下藥、峻下逐水藥、利水消腫藥、利水通淋藥、利水退黃藥、理氣藥、止血藥等。

供應(yīng)商Chembridge

化合物數(shù)量653850個

來源于Chembridge，包含類藥化合物和先導(dǎo)化合物。

供應(yīng)商Chemdiv

化合物數(shù)量1261245個

來源于Chemdiv，總量大，具有超過14,000種母核，多樣性豐富，新化合物多。

供應(yīng)商Enamine

化合物數(shù)量1393713個

來源于Enamine，數(shù)量大，多樣性豐富。

供應(yīng)商InterBioScreen

化合物數(shù)量441574個

來源于InterBioScreen，多樣性豐富。

供應(yīng)商Lifechemicals

化合物數(shù)量368367個

來源于Lifechemicals，多樣性豐富。

供應(yīng)商Maybridge

化合物數(shù)量61756個

來源于Maybridge，多樣性豐富。

供應(yīng)商Specs

化合物數(shù)量200187個

來源于Specs，多樣性豐富。

庫存-農(nóng)藥庫

化合物數(shù)量172254個

涵蓋了除草劑、殺蟲劑、殺菌劑等農(nóng)藥化合物分子，有庫存，購買方便。

庫存-片段庫

化合物數(shù)量102309個

分子量<300，有庫存，購買方便。

庫存-上市藥物庫

化合物數(shù)量2798個

包含被批準(zhǔn)（FDA、EMEA或其他機(jī)構(gòu)批準(zhǔn)）的藥物分子，具有化學(xué)多樣性、已知的生物藥效率以及安全性，降低藥物篩選風(fēng)險，有庫存，購買方便。

庫存-特殊品種化合物

化合物數(shù)量1215個含特殊品種的化合物

包括核受體的配體小分子化合物、離子通道配體小分子化合物、腎上腺素受體的配體小分子化合物等化合物種類，有庫存，購買方便。

天然產(chǎn)物庫

（VIP免費篩選）

化合物數(shù)量7507個

庫中包含的天然產(chǎn)物來源于植物、動物以及微生物，分子結(jié)構(gòu)多樣性豐富，幾乎涵蓋大部分已知的天然產(chǎn)物結(jié)構(gòu)類型，有庫存，購買方便。

庫存-已知活性庫

化合物數(shù)量35417個

包含了已知活性或靶點明確的小分子化合物，包括一些上市藥物化合物，適用于老藥新用、藥物靶點機(jī)制研究和陽性化合物對照等，有庫存，購買方便。

寶雞市辰光生物科技有限公司化合物庫

化合物數(shù)量637個

來源于植物天然產(chǎn)物，包含皂甙類、黃酮類、生物堿類等。

FDA批準(zhǔn)的藥物

（VIP免費篩選）

化合物數(shù)量2388個FDA批準(zhǔn)的藥物的結(jié)構(gòu)。

實驗中的藥物

（VIP免費篩選）

化合物數(shù)量5166個實驗中的藥物。

小分子肽庫

小分子肽庫中的結(jié)構(gòu)為計算得到的小分子結(jié)構(gòu)，由20種氨基酸任意組合形成的二肽、三肽、四肽結(jié)構(gòu)，數(shù)目分別為400個、8000個、16萬個。


06
寫在后面


研錦生物可以利用基于靶點或小分子結(jié)構(gòu)的藥物設(shè)計方法，對可購買化合物、天然產(chǎn)物等數(shù)據(jù)庫進(jìn)行虛擬篩選，并獲得潛在活性的化合物列表供進(jìn)一步活性實驗確證。


面向制藥企業(yè)和科研院所，可提供一站式的早期藥物研發(fā)服務(wù)，包括虛擬藥物篩選、先導(dǎo)優(yōu)化、靶標(biāo)預(yù)測、 動力學(xué)模擬等，涉及小分子化學(xué)藥、生物藥、中藥等多種新藥類型，為您提供優(yōu)質(zhì)的藥物發(fā)現(xiàn)服務(wù)。