分子動(dòng)力學(xué)（Molecular Dynamics, MD）模擬（動(dòng)力學(xué)模擬）是近年來(lái)飛速發(fā)展的一種分子模擬方法，它以經(jīng)典力學(xué)、量子力學(xué)、統(tǒng)計(jì)力學(xué)為基礎(chǔ)，利用計(jì)算機(jī)數(shù)值求解分子體系運(yùn)動(dòng)方程的方法，模擬研究分子體系的結(jié)構(gòu)與性質(zhì)。

01分子動(dòng)力學(xué)模擬背景

作為繼實(shí)驗(yàn)和理論兩種研究方法之后，研究分子體系結(jié)構(gòu)與性質(zhì)的第三種科學(xué)研究方法，分子動(dòng)力學(xué)模擬已經(jīng)被廣泛應(yīng)用于化學(xué)化工、材料科學(xué)與工程、物理、生物醫(yī)藥等科學(xué)和技術(shù)領(lǐng)域，起到越來(lái)越重要的作用。

該技術(shù)不僅可以得到原子的運(yùn)動(dòng)軌跡，還可以觀察到原子運(yùn)動(dòng)過(guò)程中各種微觀細(xì)節(jié)。它是對(duì)理論計(jì)算和實(shí)驗(yàn)的有力補(bǔ)充。

主要優(yōu)點(diǎn)：動(dòng)態(tài)的研究方法、豐富的分析手段、可與分子對(duì)接、藥效團(tuán)等分子模擬方法無(wú)縫結(jié)合等。

02分子動(dòng)力學(xué)模擬難點(diǎn)

目前常用的分子動(dòng)力學(xué)軟件有AMBER，GROMACS和NAMD等，掌握熟練精湛的軟件使用技術(shù)，依托平臺(tái)計(jì)算資源，短時(shí)間內(nèi)可進(jìn)行100ns時(shí)間跨度動(dòng)力學(xué)模擬。

通過(guò)對(duì)模擬軌跡進(jìn)行聚簇等分析，可獲得分子間各狀態(tài)相對(duì)穩(wěn)定構(gòu)型，并通過(guò)分析分子間相互作用模式和相互作用能等來(lái)鑒定分子間作用機(jī)理。

 圖1 分子動(dòng)力學(xué)模擬與分析

03分子動(dòng)力學(xué)模擬的研究?jī)?nèi)容

分子動(dòng)力學(xué)模擬的研究?jī)?nèi)容主要有以下6個(gè)方面：

1. 自組裝模擬

2. 大分子與小分子相互作用（藥物與靶標(biāo)相互作用）

3. 大分子之間的相互作用（蛋白-蛋白相互作用）

4. 溶劑與溶質(zhì)相互作用

5. 大分子、小分子三維結(jié)構(gòu)的優(yōu)化

6. 結(jié)構(gòu)與功能、性質(zhì)的關(guān)系

04分子動(dòng)力學(xué)模擬服務(wù)特色與優(yōu)勢(shì)

研錦生物是一家專為生物制藥領(lǐng)域提供分子動(dòng)力學(xué)模擬服務(wù)的專業(yè)信息科學(xué)整體解決方案公司，團(tuán)隊(duì)成員均為來(lái)自海內(nèi)外著名高校或科研機(jī)構(gòu)的研究人員，在藥物和生物體系的分子動(dòng)力學(xué)模擬方面擁有豐富的經(jīng)驗(yàn)。

已經(jīng)獨(dú)立或協(xié)助客戶完成了大量相關(guān)課題，通過(guò)實(shí)驗(yàn)和計(jì)算相輔相承，很多成果都發(fā)表在生命醫(yī)藥領(lǐng)域的各類著名SCI期刊。我們的研究人員通常要求對(duì)生物實(shí)驗(yàn)也有充分的了解，可以通過(guò)簡(jiǎn)單的描述快速了解項(xiàng)目的情況，并根據(jù)委托方需求，迅速建立一套可行的研究方案，省去大量文獻(xiàn)調(diào)研的時(shí)間。

此外，我們與多個(gè)高?；蜓芯繖C(jī)構(gòu)有合作，對(duì)于一些復(fù)雜問(wèn)題可以咨詢業(yè)內(nèi)專家的意見(jiàn)與建議。全部計(jì)算完成之后，可以按照委托方的要求出具中英文分析報(bào)告，也可以協(xié)助英文學(xué)術(shù)論文或?qū)＠鹊膶懽?，以及提供投稿建議等。